Как мониторить дисковую активность с помощью zabbix писалось уже не раз, но ни один из вариантов меня полностью не устроил и я взял что-то из одного рецепта, что-то из другого, а что-то реализовал сам. В итоге получилось решение, которое устраивает меня и чтобы не забыть как я это сделал было решено задокументировать :) На все сторонние скрипты и идеи в конце статьи указаны ссылки.

Для мониторинга используется утилита iostat из пакета sysstat. Она в течерии минуты записывает показания в файл(с интервалом в одну секунду), а затем zabix-агент считывает среднеарифмитическое. Для автоподключения дисков к мониторингу был написан свой скрипт, который выполняет поиск блочных устройств, но не просто всех имеющихся, а по определенным, нужным мне критериям, т.е. поиск начинается с просмотра всех примонтированных файловых систем и определения их блочных устройств, далее если это логические устройства, они отсекаются, например вместо sda1 и sda2 будет мониториться только sda и т.д.